UCSC

На сервере UCSC в геномном браузере найден белок PanK1_human. Его характеристики:

Также на рисунке 1 преставлена окрестность гена Pank1_human с треками (сверху вниз):
Рис.1 Окрестность гена Pank1_human из Genome Browser.

Ensembl

На сервере Ensembl был найден ген человека Pank1 и построено его выравнивание с гомологичным геном шимпанзе. Выравнивание доступно в формате clustal и fasta

На сервере kodomo с помощью программы distmat подсчитано число различий - 0.89 на 100 нуклеотидов (выдача программы). На мой взгляд, это довольно маленький показатель, учитывая, что сравниваются разные виды, но ещё не далеко эволюционно разошедшиеся.

Также на сервере Ensembl было выяснено число часто встречающихся полиморфизмов в геномах людей - 7143 варианта, 5506 из которых за счёт вариаций в интронах. Не удивительно, что основная часть мутаций находится именно в интронах. На рисунке 2 можно ознакомиться с существующими вариантами.

Рис.2 Полиморфизм гена PanK1 человека.

NCBI Map Viewer

Также ген PanK1_human был найден в геномном браузере NCBI Map Viewer. При поиске мы получаем наглядную локализацию хитов в кариотипе и набор найденных транскриптов и генов. От транскриптов можно избавиться с помощью быстрого фильтра (см. рисунок 3)

Рис.3 Поиск гена PanK1_human в NCBI Map Viewer.

При переходе по ссылке, ведущей с названия гена, геномный браузер переходит на хромосому в окрестности требуемого гена, причём изображение ориентировано вертикально, а не горизонтально, как в остальных геномных браузерах (см. рис 4)

Рис.4 Окрестность гена Pank1_human на хромосоме в NCBI Map Viewer.
Здесь можно узнать на какой цепи находится ген, его описание, его соседей, а также получить несколько ссылок на различные ресурсы. В добавок, можно узнать, чем подтверждено существование гена, перейдя по ссылке Download/View Sequence/Evidence. Так, для гена PanK1 известны последовательность в геноме, 7 мРНК и от 21 до 99 EST (см. рис. 5). Примечательно, что возле каждого элемента стоит ссылка на запись в NCBI.

Рис.5 Подтверждение существования гена Pank1_human в NCBI Evidence Viewer.

Наконец, можно перейти на запись в NCBI о самом гене, где можно получить: краткое summary по гену, локализацию в геноме, транскрипты и продукты (и информацию о них, кстати уже в горизонтальном виде) (см рис 6), ссылки на статьи в PubMed, информацию из RefSeq, ссылки на связанные с геном последовательности, мРНК например.

Рис.6 Ген Pank1_human в NCBI Map Viewer.

Вывод

На первый взгляд NCBI Map Viewer кажется непривичным и малофункциональным (по сравнению, например, с геномным браузером UCSC). Возможно, это связано с тем, что в нём не приходилось ещё выполнять никаких задач. Однако у него есть определённый плюс - это интегрированность с другими сервисами NCBI.